贝多芬的第二个时期是他最重要和最典型的时期。在这个时期，贝多芬已被人们认为是欧洲第一流的钢琴家和作曲家。由于他拒绝屈从于保护人和出版商的要求，他的作品的长度在增加，个性和反叛的东西也在增长。贝多芬写了大量的作品草稿，不断地修改它们，直到他自己满意为止。这是贝多芬音乐风格完全成熟的时期，他的很多最著名的作品都是在这个时期产生的。

    这个时期的主要作品有弦乐四重奏作品第59号，也叫拉祖莫夫斯基四重奏，以及第74和第95号；15首钢琴奏鸣曲（作品第22号到第90号），包括瓦尔德斯坦和热情奏鸣曲；第四和第五钢琴协奏曲；第三到第八交响曲；还有歌剧《费德里奥》。

    1803年创作的第三（英雄）交响曲是这个时期的一部代表作。这部作品最早是献给拿破仑·波拿巴这位法国大革命的英雄的。手稿上原来的标题是"以波拿巴为题的大交响曲"，后来改成"为波拿巴而作"。据说贝多芬得知拿破仑在1804年称帝后，愤怒地擦去了原来的标题并改写成"英雄交响曲，为纪念一个伟人而作"。

    这是一首革命性的作品，是对英雄的伟大理想的一种不朽的音乐表现。贝多芬一生坚持共和主义的理想，向往法国大革命，追求"自由、平等、博爱"的资产阶级人道主义精神。这种思想典型地体现在第三交响曲中，并引起了音乐手法上的许多创新。例如第一乐章用两个强烈的乐队全奏的降Ｅ大三和弦作为引子，由这个大三和弦的分解构成了深沉刚毅的主部主题，它意外地到达升ｃ音上，并引出了无穷的变奏和发展。简洁而有力的主部主题就像一部戏剧中的主人公，他被描写成一个奋斗的、被压制的，但最终取得胜利的英雄。而这个英雄在某种意义上就是贝多芬自己。整个乐章的篇幅大为扩展，副部出现多主题，展开部比呈示部更长，突然的转调和紧张的不协和音，以及连续的切分节奏所带来的不可遏制的动力感使乐章不断达到新的。第二乐章是葬礼进行曲，这种体裁与法国大革命有关，在当时有固定的格式，如中段用大调式与两端的小调式形成对比，木管乐器比较突出，表达对英雄的牺牲的深切哀悼。贝多芬的这个乐章与法国大革命时期的作曲家戈塞克等人的同类作品有相似之处。第三乐章是一首大规模的谐谑曲。末乐章则是一个大变奏曲，主题取自贝多芬的芭蕾舞音乐《普罗米修斯的创造》。贝多芬在他的一首著名的钢琴变奏曲中也使用了这同一个主题。

    这个时期的其它几部交响曲创作也很值得注意。第四和第五交响曲表现了几乎是相对立的情感世界。第四是欢快而幽默的，而第五是与命运搏斗并最终获胜的巨人。第六交响曲（田园）有五个乐章，而不是通常的四个。它也是标题交响曲的一个先例。第七交响曲的规模也比较大，是以舞蹈的节奏为主导的一部杰作，而第八交响曲则比较短小，还恢复了古老的小步舞曲乐章。

    贝多芬唯一的歌剧《费德里奥》是一部拯救歌剧（法国大革命期间流行的一种歌剧形式），1804年到1805年创作，1806和1814年修改。贝多芬在这部歌剧中表达了和第三交响曲类似的革命精神。英雄主义精神也体现在贝多芬这个时期的其他一些作品中，如"瓦尔德斯坦"奏鸣曲和"热情"奏鸣曲，以及献给俄国驻维也纳大使拉祖莫夫斯基的弦乐四重奏（作品第59号）和第五钢琴协奏曲（皇帝）等。